ตำบลบ่อพันขัน ได้รับการจัดตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2493 โดยเป็นการแยกออกจากเขตพื้นที่ของตำบลเปลือยอำเภอสุวรรณภูมิ (ปัจจุบัน คือ ตำบลหัวช้างอำเภอสุวรรณภูมิ) โดยการแยกพื้นที่มาตั้งเป็นตำบล           บ่อพันขันขณะนั้น มีอาณาเขตพื้นที่ ที่กว้างใหญ่มาก มีหมู่บ้านในเขตปกครองจำนวนมาก ครอบคลุมเนื้อที่              หลายตารางกิโลเมตรตั้งแต่ทางทิศตะวันออกของอำเภอสุวรรณภูมิไปจรดกับเขตพื้นที่ของอำเภอพนมไพร และตั้งชื่อตำบล ตามชื่อบ่อน้ำจืดขนาดเล็กมีเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 5 นิ้ว ลึกประมาณ 5 ฟุตที่อยู่ในพื้นที่ซึ่งเป็นบ่อหินกลางหนองน้ำเค็มขนาดใหญ่ มีน้ำจืดไหลซึมในบ่อตลอดเวลา ใช้ขันตักน้ำออกเท่าไหร่ก็ไม่หมด จึงได้ชื่อว่า ”บ่อพันขัน”  โดยมีนายชารี นิลสระคู เป็นกำนันคนแรกของตำบล ต่อมาในช่วงประมาณปี             พ.ศ. 2536 ทางราชการ ก็ได้จัดให้ตำบลบ่อพันขันมีการบริหารงานตำบลในรูปแบบของสภาตำบลบ่อพันขัน และในปี พ.ศ. 2538 กระทรวงมหาดไทยได้มีประกาศตั้งและกำหนดเขตตำบลใหม่โดยได้แยกเขตพื้นที่ของตำบลบ่อพันขันออกเป็น 2 ตำบล คือมีการแยกพื้นที่ทั้งหมดทางทิศตะวันออกของตำบลบ่อพันขันไปเป็นตำบลจำปาขันซึ่งในการแยกหมู่บ้านในครั้งนี้ได้แยกเอาหมู่บ้านจำนวนมากเป็นจำนวน 11 หมู่บ้าน ไปอยู่ในเขตปกครองของตำบลจำปาขัน จึงทำให้ ตำบลบ่อพันขันเดิมเหลือจำนวนหมู่บ้านในเขตปกครองเพียง 7 หมู่บ้านทำให้ตำบลบ่อพันขันเดิมที่มีขนาดพื้นที่กว้างใหญ่เป็นอันดับต้นๆของอำเภอสุวรรณภูมิ กลายเป็นตำบลที่มีขนาดเล็กที่มากในเขตท้องที่ของอำเภอ และในปี พ.ศ. 2539 ทางราชการโดยกระทรวงมหาดไทย        ก็ได้มีประกาศจัดตั้งสภาตำบลบ่อพันขัน ให้มีรูปแบการปกครอง/การบริหารราชการส่วนท้องถิ่นเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลบ่อพันขัน เมื่อวันที่ 19 มกราคม 239 มาจนถึงปัจจุบัน